Portugalská nadvláda
V 16. století byla Melaka napadena Portugalci v rámci protimuslimskéhmu tažení a díky portugalské snaze přerušit obchodní nadvládu mezi Benátkami a Asií. Roku 1512 byla Melaka dobyta pod vedením Affonsa de Albuquerque a panovnický dvůr byl nucen uprchnout na jih, kde v Johoru založil nové středisko malajské moci.
Albuquerque v Melace vybudoval pevnost A Famosa (Slavná) a na místě sultánova paláce nechal postavit kostel sv. Pavla. Obchodoval především s indickými a čínskými obchodníky, s kterými měl na rozdíl od muslimů lepší vztahy. Portugalská nadvláda trvala 130 let, během nichž však musela čelit malárii i sousedním malajským vojskům.
Portugalci nevyvíjeli příliš velké úsilí při rozšiřování svého území ani při šíření křesťanství, šlo jim především o zisk. Několik stovek mužů uzavřelo svazky s místními ženami, čímž došlo k vytvoření početného euroasijského společenství, obchodní stanice této komunity byla pro svůj život v přepychu nazývána „Babylon Orientu“.